Moduliacija – tai mechanizmas, sukurtas siekiant sustiprinti antrąjį BŽŪP ramstį. Ją taikant sumažinamos tiesioginės išmokos, o sutaupytos lėšos skiriamos kaimo plėtrai. 2003 m. BŽŪP reformoje numatyta, kad taikant moduliaciją tiesioginės išmokos bus palaipsniui sumažintos visoje Bendrijoje privaloma tvarka (3% – 2005 m., 4% – 2006 m. ir 5% – 2007– 2012 m.).
Bendrijos teisės aktuose numatyta, kad visos lėšos sukauptos taikant moduliaciją, gali būti panaudotos tik kaimo plėtros programoms, įskaitant sumą, kuri galėtų būti panaudota rizikos ir krizių valdymo priemonėms įdiegti. EK komunikatas, 2005-03-09.

Manome, kad naujosioms šalims narėms moduliacija turėtų būti taikoma ne anksčiau kaip 2014 m., nuo tada, kai naujosioms šalims narėms visa – 100 procentinė tiesioginė parama bus skiriama tik iš ES biudžeto (kitaip tariant – nebebus taikomos papildomos nacionalinės tiesioginės išmokos). [...] Taip pat norėtume atkreipti dėmesį į tai, kad moduliacija tiesiogiai siejasi su tam tikrais pakeitimais kaimo plėtros srityje. Net jeigu pagal Komisijos pasiūlymą, naujosios šalys narės privalomą moduliaciją privalėtų taikyti nuo 2012 metų, – netikslinga keisti kaimo plėtros strategijos ir programos dėl labai trumpo laikotarpio nes nuo 2013 m. bus kuriama nauja programa. Komiteto išvada, 2008-10-29.

Atliekant BŽŪP įgyvendinimo būklės vertinimą, Komisijos pateikti pasiūlymai didinti moduliaciją ir naudoti tokiu būdu gautas lėšas finansuoti, inter alia, vandentvarką pagal kaimo plėtros programas gali pagerinti situaciją. EK ataskaita, 2008-12-19.

Todėl valstybės narėms leidžiama naudoti papildomas moduliacijos lėšas pieno gamintojams paremti jiems rengiantis kvotų panaikinimui. EK komunikatas, 2009-07-22.